ゲノム情報科学研究教育機構
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平成18年度 (2006年4月〜2007年3月)  - 科目シラバス -
平成17年度 ]  

 バイオインフォマティクス教育には大きく2つのニーズがあります。1つは新しい情報技術の開発や高度な生物情報解析を行うことのできる人材を養成する専門家教育、もう1つは実験系の生命科学研究者に情報科学の技術とセンスを与える非専門家教育です。本人材養成プログラムでは両者のニーズに対応するため、情報科学の方法論をテーマとした講義、生命科学の問題解決をテーマとした講義、さらに実践的なトレーニングのための実習を提供しています。


 バイオスタティスティクス特論

 配列データやマイクロアレイによる遺伝子発現データなど大量データからの知識発見に焦点をあて、近年進歩がめざましいバイオスタティスティクスの主要な手法を概説する。分類・判別、情報量基準といった基礎だけでなく、発現パターン分類やQTL解析といった応用も取り上げる。


 バイオアルゴリズム特論

 配列解析や立体構造解析といった伝統的なバイオインフォマティクスでのアルゴリズムとともに、今後の発展が期待されるグラフやネットワーク(パスウェイ、化合物、糖鎖、ほか)を対象とした新しいバイオインフォマティクスでのアルゴリズムの基礎理論を説明する。


 ゲノムデータ解析特論

 ゲノムデータに含まれる生物学的意味をいかにして引き出すかの講義を行う。遺伝子領域予測、発現制御シグナル予測、タンパク質機能予測をはじめとした配列解析、タンパク質立体構造解析、進化解析など基礎的な解析法とともに、創薬・医療などゲノム情報の有効利用に関する方法も解説する。


 ネットワーク解析特論

 ゲノム(DNA)だけでなくトランスクリプトーム(RNA)、プロテオーム(タンパク質)、メタボローム(代謝化合物)などの大量データから分子間相互作用ネットワークやパスウェイを推定し、生命システムの高次機能を推定する手法を概説する。


 バイオインフォマティクス実習

 KEGGデータベース及びゲノムネットサービスの利用法を実際にパソコンを操作しながら習得する。遺伝子アノテーションや機能予測などゲノム情報の解析、化合物、糖鎖、薬などのケミカル情報解析、代謝ネットワークやシグナル伝達ネットワークなどパスウェイ情報の解析を取り上げる。


 プログラミング実習

 バイオインフォマティクス分野でよく利用されているPerl, Ruby, C などのプログラミング言語の概要を学び、簡単なプログラミングができるようになるまでの実習を行う。インターネット上のリソースを活用して、生命科学の大規模データベースを利用する実習も行う。


 テクニカルライティング演習

 プレゼンテーションスキルに関する概論の後、各自が研究内容等をPowerPointで発表したり、英文のアブストラクトを作成したりする演習を行う。また、グラント申請やパテント申請のためのテクニカルライティング演習も行う。

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