ゲノム情報科学研究教育機構  アブストラクト
Date Mar 19, 2014
Speaker Dr. Tetsuo Shibuya
Title de Bruijn Graph Problems
Abstract DNAアセンブリアルゴリズムは非常に大きなメモリを要するが、その理由は、それらの多くのアルゴリズムが基づいているde Bruijn graphというグラフが非常に巨大であるためである。しかし、過去3年ほどでde Bruijn graphを小さく保持する技術が飛躍的に発展した。本セミナーでは、そのようなde Bruijn graphを小さく保持する新しい技術である、succinct de Bruijn graphとよぶ新たなデータ構造を紹介する。また、de Bruijn graphはたとえ小さく保持してもグラフは巨大なものであるため、複雑な処理を行うことが難しいことが多い。本セミナーでは、de Bruijn graphのグラフの性質を用えば、通常は難しい複雑な解析が可能になる場合があることを紹介する。
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